Depuis presque un an, des guerres internes sévissent dans la Galaxie. Des forces dissidentes s'en sont farouchement pris au Conseil et à la coalition concilienne, attaquant la Citadelle et déclenchant une série de conséquences à travers les différentes planètes mères. Incapables de trouver un accord, les Humains et les Turiens ont cassé leurs accords, s'accusant l'un et l'autre d'être responsable d'un tel échec. Depuis, l'Alliance et la Hiérarchie souhaite prendre le contrôle des forces conciliennes et personne ne contrôle réellement quoique ce soit, causant un effet de dissolution et d'égoïsme pendant que les deux plus grandes flottes spatiales s'en prennent à ceux qu'ils considèrent comme des ennemis.
De leur côté, les Terminus sont en constante éruption depuis qu'Aria T'Loak a tenté de s'opposer à ce vent de rébellion. Emprisonnée par sa seconde, Omega est devenu le théâtre de ce qui se passe partout ailleurs : de la violence, du sang, des morts. Plus personne ne tient la neutralité des Terminus pour vrai. Toutes les colonies à l'intérieur et en dehors de la Travée sont victimes d'attaque et plus personne n'est à l'abri.
Plus spécifiquement, Rannoch et Haratar se sont d'abord prononcés pour maintenir la paix - les Geths ayant estimé, par consensus, qu'une guerre ne profiterait à personne. Mais à peine un mois après la Chute du Conseil, Rannoch connaitra ce qui sera appelé - à tort - le "deuxième soulèvement des Geths". Il s'agit en réalité de factions indépendantistes geths et quariennes qui ont rassemblés leur force pour mener une révolution. Rapidement endiguée, cette tentative a causé un froid et a épuisé les forces du Voile de Persée, qui s'est de nouveau isolé du reste.
Quant à vous, vous vous êtes retrouvé au centre de cette mascarade, totalement impuissant. Sur la Citadelle au moment de la fameuse attaque, vous avez fui en compagnie de Nellana, une jeune asari que vous avez pris sous votre aile, bien malgré vous. Après avoir plusieurs fois échappé à la mort, vous avez rejoint Khar'Shan et l'Hégémonie Butarienne, que vous servez en tant qu'étranger. Cette dernière a étonnement décidé de ne pas attaquer une Alliance déjà affaiblie et de rester en dehors des combats. Leur planète est donc l'un des endroits les plus sûrs à l'heure actuelle.
Comme si avoir d'immenses conflits secouant la Galaxie ne suffisait pas, une des colonies butariennes est actuellement envahie par des... Moissonneurs. Évidemment, il ne s'agit pas des immenses machines intelligentes qui ont failli détruire chacune des espèces il y a de treize ans, mais de quelques créatures endoctrinées qui semblent avoir survécu. Et qui sont par ailleurs accompagnées de forces militaires synthétiques.
Depuis presque trois semaines, les rapports affluent de la colonie et affirment bel et bien que ces abominations sont de retour. Pourquoi et comment ? Ce sera à vous de le découvrir en remontant la piste jusqu'aux glaciers de Lorek et en débusquant un spécialiste au nom improbable, le Professeur Puitrassier.
Plus de deux mois après la fin de votre mission, vous êtes toujours sur Khar'Shan en quête de réponses suite à l'assassinat d'un des conseillers de l'Arashtaat : Monark. Après plusieurs boulots sans trop de rapport afin de continuer à gagner votre croûte, Delan trouve une piste avec le nom du principal "suspect" dans cette affaire. Il s'agit d'un dénommé Cal Wood.
Cet assassin est un humain, qui s'est visiblement fait une petite réputation durant la guerre qui oppose le Conseil aux Terminus. Il est évident qu'il a été payé et qu'il n'a pas l'air d'avoir la moindre importance... Mais lorsque vous tombez sur une preuve qui le lie à Lorek, vous n'avez pas d'autres choix : il faut le trouver. Et pour ça, il faut trouver un vaisseau et partir de la planète. Chose qui est moins facile que prévue.