Les Prothéens sont une ancienne espèce extraterrestre qui disparut mystérieusement il y a un peu plus de 50 000 ans. Les Prothéens sont apparus sur une planète inconnue et développèrent un immense empire galactique, englobant de nombreuses autres races. On ne sait que très peu de choses sur eux, mais beaucoup de leurs artefacts, ruines et technologies ont traversés les âges jusqu'à l'époque contemporaine.
Les Prothéens ont été crédités de la création de la Citadelle et des relais cosmodésiques, des merveilles d'ingénierie encore inégalées, ainsi que de l'invention des technologies fonctionnant avec de l’Élément Zéro, constituant le fondement de la civilisation galactique contemporaine. Les artefacts prothéens ont par conséquent une immense valeur scientifique et sont considérés comme appartenant à l'ensemble de la communauté galactique.



Les Prothéens sont une race anthropoïde. Ils possèdent deux paires d'yeux qui possèdent deux pupilles chacun, ainsi que deux paires de narines. Leurs yeux ont la capacité de n'être pas dupe face à un dispositif de camouflage optique. Leurs têtes sont recouvertes d'une épaisse carapace en couches, qui leur donnent une forme distinctive. La peau qui entoure cette carapace est d'un bleu-gris pâle, légèrement tachetée de tâches jaunes. Les mains possèdent trois doigts et leurs pieds ont deux orteils, largement espacés.
Un attribut unique de la physiologie prothéenne est un système d'échange de pensées ou de souvenirs via un contact physique tactile. En touchant quelque chose ou quelqu'un, un Prothéen peut avoir de nombreuses informations sur la personne ou le lieu. Ce système permet de transférer des idées complexes, permettant à un Prothéen d'apprendre une nouvelle compétence ou un nouveau langage d'un simple toucher. Les Prothéens acquirent ce mécanisme sensoriel en évoluant à partir d'une race de prédateur et avaient donc besoin d'être complètement conscients de leur environnement. Ce mécanisme est similaire à l'idée de la psychométrie chez les autres races.
Quelques traces de matériel génétique prothéen furent découvertes, permettant aux généticiens modernes d'apprendre que les Prothéens ont une structure génétique unique en "quadra-hélice", un ADN composé de quatre structure en hélice liées entre elles. En comparaison, les Humains ont une structure génétique en double-hélice. Une hypothèse prétend que les Prothéens étaient immunisés à de faibles niveaux de radiations car chaque artefacts prothéens découverts émettent des quantité faible, mais significative, de particules ionisés, inoffensives pour les Humains ou les autres races de "grande taille", mais assez pour endommager l'ADN de créatures de la Terre comme les abeilles ou les mouches à fruits.




L'Édification d'un Empire : 

On sait très peu de chose sur les origines des Prothéens, même le nom et l'emplacement de leur monde d'origine nous est inconnu. On ignore au bout de combien de temps les Prothéens devirent une civilisation stellaire et de la durée de leur empire galactique. Toutefois, un appareil de communication prothéen retrouvé sur Fehl Prime fut daté à environ 68 000 ans avant notre ère. Après avoir inventé le vol spatial habité, les Prothéens découvrirent les ruines d'une ancienne civilisation stellaire, les Inusannons, et apprirent à partir de ces ruines à exploiter la physique des champs cosmodésiques et développèrent une technologie SLM. Les Prothéens s'étendirent ensuite à travers la galaxie via le réseau des relais cosmodésiques, découvrirent la Citadelle et en firent la capitale de leur Empire.
Au début de l'expansion de leur empire, les Prothéens firent face à un race synthétique intelligentes qui menaçait de les submerger. Pour vaincre ces machines, les Prothéens décidèrent d'unir l'ensemble des civilisations de la galaxie sous la bannière de leur empire. Les autres races étaient libre de résister et pouvaient prétendre à l'indépendance si elles se montraient plus puissantes que les Prothéens. Toutes celles qui ont essayées de résister échouèrent et furent violemment écrasées par les Prothéens. Avec le temps, chacune des civilisations annexées assimilèrent la culture prothéenne et les individus finirent par se considérer eux-même comme étant des Prothéens. Unifiant la galaxie sous sa bannière, l'Empire Prothéen parvint ensuite à vaincre la race synthétique dans un conflit connu sous le nom de "Guerre du Métacon".
A un certain moment de leur histoire, les Prothéens découvrirent l'existence des Moissonneurs et de leur Cycles de destruction galactique à travers l'étude des ruines de civilisations éteintes. Plusieurs contre-mesures furent conçues, dont le Creuset qui été basé sur les plans laissés par les civilisations passées. Dans le cas où les Moissonneurs survécurent à ces actions, les Prothéens on également commencés une observation approfondies des espèces primitives telles que les Asari, les Galariens, les Hanari, les Humains, les Quariens et les Turiens. Ils espéraient que certains Prothéens survivraient à la récolte des Moissonneurs et qu'ils uniraient ces espèces afin de créer un nouvel empire.

Cataclysme : 

Les "croyances" prothéennes, consistants à dire que leur Empire était capable de résister à n'importe quelle menaces de races synthétiques furent balayées avec l'arrivée des Moissonneurs 48 000 ans avant notre ère, bien plus avancés que les machines que les Prothéens avaient combattus. Bien que les Prothéens connaissaient l'existence des Moissonneurs et se préparèrent à leur venue, ils furent complètement pris au dépourvu par l'ampleur et la rapidité de l'assaut. Les Moissonneurs arrivèrent dans la galaxie via le relais caché de la Citadelle, décapitant instantanément le gouvernement prothéen et prirent le contrôle du réseau des relais cosmodésiques, isolants les secteurs prothéens les uns des autres. Pire encore, les Moissonneurs accédèrent aux données de Citadelle, leur permettant d'avoir accès à l'ensemble des informations démographiques et géographiques et ainsi être en mesure de traquer efficacement tous les Prothéens vivants dans la galaxie.
La plus grande force des Prothéens, leur Empire unifié, s'avéra être également leur plus grande faiblesse. Comme cet Empire étaient unis sous la direction d'une seule espèce qui dirigeaient un ensemble de races asservies, les Moissonneurs purent rapidement saper la hiérarchie prothéenne et forcèrent les forces prothéennes à se disperser lorsque que la chaîne de commandement fut détruite. En plus de cela, comme toutes les races de l'Empire se conformaient à une doctrine militaire unique, elles n'ont pas réussies à s'adapter et à compenser par l'exploitation des faiblesses identifiés des Moissonneurs.
Alors que l'Empire s'effondrait, plusieurs races tentèrent par leur propre moyen de s'opposer aux Moissonneurs, les Prothéens étant impuissant face à l'invasion. Les Densorins, une race qui avait une connaissance scientifique dépassant la compréhension de Prothéens, tentèrent de convaincre les Moissonneurs de ne pas les attaquer en leurs offrant leurs enfants en sacrifices, mais cela n'a permit que de rendre l'extermination de la race plus facile pour les Moissonneurs. Les Zha'Til, race cybernétique composée d'une race appelée originairement "Zha", vivant en symbiose avec des IA pour survivre sur leur monde mourrant, furent endoctrinés par les Moissonneurs, formant ainsi des essaims cybernétiques qui fondirent sur la galaxie. Face à la menace, les Prothéens furent contraint d'exterminer la race Zha'Til dans son intégralité en transformant le soleil de la planète des Zha en supernova.
Au cours des siècles qui suivirent, les Prothéens luttèrent contre les Moissonneurs de systèmes en systèmes, de planètes en planètes, de villes en villes. Si nécessaire, des colonies entières furent sacrifiées et abandonnées aux Moissonneurs. Pendant que les Moissonneurs se concentraient à la récolte de ces colonies, les Prothéens avaient le temps de se regrouper. Cependant, à long terme, cette stratégie s'avéra extrêmement coûteuse, privant aux Prothéens l'accès à des infrastructures, des ressources ou des individus auxquels ils avaient renoncés précédemment. Inexorablement, les Moissonneurs conquirent, asservirent ou détruisirent toutes les planètes appartenant aux Prothéens. De plus en plus désespérés, certains Prothéens tentèrent à plusieurs reprises de négocier la reddition avec les Moissonneurs, mais ces derniers n'y ont jamais répondus.
En plus de la menace des Moissonneurs, les Prothéens devaient également lutter à l'intérieur de leurs propres rangs. En effet des Prothéens endoctrinés servirent aux Moissonneurs d'agents dormants, s'infiltrant parmi les survivants, ils trahirent leur propre espèce en révélant aux Moissonneurs l'emplacement des bases prothéennes, sabotant les plans soigneusement préparés que les Prothéens élaborèrent pour survivre à la destruction. Lors de la construction du Creuset, certains Prothéens pensèrent que les Moissonneurs pourraient être contrôlés grâce à cette machine, mais, succombant à l'endoctrinement dans leurs tentatives d'exploiter la technologie moissonneurs, ils sabotèrent le Creuset, privant ainsi les Prothéens de leur dernier espoir de vaincre les Moissonneurs.
Après des siècles de destruction minutieuse et systématique, les Moissonneurs finirent par tuer ou récolter l'ensemble des Prothéens résidant dans la galaxie, et dépouillèrent les ressources de leurs mondes. Après avoir effacés toutes les traces de leurs présences et de leurs existences, les Moissonneurs se retirèrent vers l'Abîme via le relais de la Citadelle qu'ils désactivèrent après leur traversée.

Un Sanctuaire : 

Bien que les Moissonneurs furent très minutieux dans leur génocide galactique, ils négligèrent un seul monde. L'équipe de recherche du Canal sur Ilos, dont les dossiers furent détruit dans l'attaque initiale de la Citadelle, survécu à la première vague de destruction. L'installation fut mise en sommeil afin d'éviter la détection et le personnel fut placer en stase, espérant que le danger allait bientôt passer. Vigile, une IV, fut conçue pour veiller sur les Prothéens en stase cryogénique jusqu'à ce que les Moissonneurs aient disparu afin de les réveiller pour qu'ils puissent reconstruire l'Empire. Mais au fil des siècles, les Moissonneurs persistèrent dans leur génocide des Prothéens tandis que les alimentations de Vigile commençait à faiblir en même temps que celle des caissons de stase.
Suite à l'application des mesures d'urgence, Vigile commença à couper l'alimentation des caissons de stase occupés par le personnel non essentiel afin d'économiser l'énergie. Lorsque les Moissonneurs finirent enfin par se retirer via le relais de la Citadelle, seuls les meilleurs chercheurs, une douzaine de personnes, étaient encore en vie. Vigile les réveilla et les scientifiques réalisèrent ce qui s'était passé.
Ils comprirent rapidement que la situation était désastreuse. Étant en nombre insuffisant afin de soutenir une population viable, la race Prothéenne était condamnée. Peu après leur réveil, ils lancèrent un signal soigneusement codé au réseau de balises à travers la galaxie dans l'espoir d'entrer en contact avec d'autres survivants. Bien qu'il soit peut probable qu'il y ait des survivants, les scientifiques pensèrent qu'il ne coûterait rien d'essayer de rechercher des survivants ailleurs. Le signal contenait non seulement un avertissement sur l'invasion Moissonneur, mais également une description d'Ilos elle-même, dans le but de donner de l'espoir aux éventuels survivants.
Les scientifiques savaient que le sauvetage de la race prothéennes était peu probable. Au lieu de cela, ils ont choisi de protéger les races qu'ils avaient étudiés, épargnées de la destruction des Moissonneurs à cause de leur faible niveau technologique et commencèrent à travailler sur l'origine du point d'entrée des Moissonneurs dans la galaxie et comment ils l'activaient. Après des décennies d'étude, ils comprirent le lien entre les Moissonneurs, la Citadelle et les Veilleurs et découvrirent un moyen d'interférer avec le signal qui oblige les Veilleurs à activer le relais de la Citadelle. Utilisant le Canal, les scientifiques prothéens quittèrent Ilos et se rendirent à la Citadelle pour modifié ce signal. Leur intention était d'empêcher les Moissonneurs d'ouvrir à nouveau le relais de la Citadelle et ainsi, les piéger dans l'Abîme. Cependant, ils n'avaient aucun moyen d'être certain que leur plan avait fonctionné. Le sort de ces scientifiques prothéens est inconnus. Comme le Canal ne fonctionne que dans un seul sens et qu'il n'y avait ni eau, ni nourriture sur la Citadelle, Vigile suppose qu'ils sont probablement mort de faim.
A l'approche de l'aboutissement du Cycle suivant, Vigile apprit que les efforts des Prothéens ne furent pas vain quand le Commandant Shepard et son équipe trouvèrent Ilos. Sovereign avait tenté d'activer le signal de la Citadelle qui obligerait les Veilleurs d'ouvrir le relais menant à l'Abîme, mais grâce aux efforts des scientifiques d'Ilos, rien ne se passa. Vigile fourni à Shepard un fichier de donnée, lui permettant d'avoir temporairement le contrôle intégrale des systèmes de la Citadelle et révéla au Commandant tout ce qu'il savait sur les Moissonneurs et l'extinction des Prothéens avant de lui donner l'accès au Canal. Quand Sovereign fut vaincu et que le retour des Moissonneurs dans la galaxie fut empêché, le travail des scientifiques prothéens fut enfin récompensé, même si, en fin de compte, la galaxie n'eut droit qu'à un cours répit avant que les Moissonneurs n'émergent de l'Abîme par leur propres moyens et firent leur retour.

Corruption : 

Alors que tout indique que les Moissonneurs aient complètement anéantis les Prothéens, ce n'était pas le cas. Les Moissonneurs sont soupçonnés d'avoir tentés d'exploiter le matériel génétique de millions de Prothéens pour créer un nouveau Moissonneur. Il est spéculé par IDA que cette tentative échoua et que les Moissonneurs décidèrent d'utiliser les nombreux Prothéens encore captifs afin qu'ils répondent aux besoins des Moissonneurs. Mordin émis l'hypothèse que ces Prothèens furent endoctrinés et après une très longue période en temps qu'esclaves endoctrinés, ils reçurent des modifications cybernétique pour compenser le manque croissant de capacité cérébrale et moteur, effet secondaire de l'endoctrinement. Après plusieurs génération clonés, il est probable qu'au cours des siècles du génocide moissonneur contre les Prothéens, les Moissonneurs ont finalement décidés de modifié génétiquement ces Prothéens à leur service. Ces captifs furent alors transformés en une nouvelle race qui collaborait avec les Moissonneurs et qui se firent connaître des citoyens galactique contemporains comme étant les Récolteurs.
Étant une espèce rarement vus, l'existence des Récolteurs est remise en question par la plupart des gens. Les Récolteurs vivent dans la Base Récolteurs, une station spatiale située dans le centre de la galaxie, accessible uniquement via le relais Oméga IV. Comme personne n'ait jamais revenu du relais Oméga IV est qu'aucun Récolteur ne fut examiné, le lien Prothéen/Récolteur n'avait jamais été découvert. La technologie récolteur, très avancée, ne ressemble pas à la technologie prothéenne et est susceptible d'avoir été créer par eux-même après le génocide des Prothéens, renforçant ainsi la croyance qu'il n'existe aucun liens entre les Prothéens et les Récolteurs. Les Récolteurs sont soupçonnés d'avoir un accès limité à la technologie moissonneur. Ils possèdent en effet des Zombies, un Identifiant ami/ennemi Moissonneur grâce auquel ils peuvent utiliser le relais Oméga IV ainsi qu'une technologie moissonneur qui protégeait la Base des Récolteur de l'attraction des nombreux trous noirs du Noyau galactique.
Durant les 50 000 ans qui suivirent l'extinction des Prothéens, les Récolteurs se rendirent périodiquement dans les Systèmes Terminus où ils s'efforcèrent d'acquérir des éléments apparemment sans importance tels que des petit nombre de types très particuliers d'individus de certaines espèces en échange de leur technologie de pointe. Le fait de savoir si les Récolteurs agissaient sous les ordres des Moissonneurs durant cette période est inconnu et il en est de même pour les raisons de ces opérations. Immédiatement après la destruction de Sovereign, le Moissonneur connu sous le nom d'Augure commença à dirigé les Récolteurs dans l'enlèvement d'un nombre très important de colons humains dans le cadre du plan des Moissonneurs de créer un Moissonneur-Humain, faisant partie d'une nouvelle tentative de commencer le prochain cycle d'extinction. Shepard conduisit une équipe dans la Base des Récolteurs et veilla à ce que la menace des Récolteurs soient éliminée, conscient que les Récolteurs étaient autrefois des Prothéens. Cela élimina éventuellement les derniers vestiges de la race prothéenne.

Vengeance : 

Ilos n'était pas le seul endroit où les Prothéens essayèrent de survivre en état de stase. Prés d'un million de guerriers prothéens et leur commandant, Javik, furent conservés en stase cryogénique dans un bunker secret sur Eden Prime. La mission de Javik était de conduire les guerriers dans la reconstruction de l'Empire Prothéen une fois la menace Moissonneur passée. Cependant, avant que l'installation ne soit scellée, des traîtres endoctrinés révélèrent l'emplacement du bunker aux Moissonneurs. Des centaines de milliers de caissons de stase furent détruit dans l'attaque de l'installation, tuant leurs occupants. Afin de préserver les quelques survivants restants, l'IV de l'installation, Victoire, lança un bombardement à neutrons pour purger les forces Moissonneurs présentes. Le bombardement endommagea également l'installation et rendit les systèmes de réveil automatique des caissons de stase prothéens inutilisable. Comme la survie de Javik était la priorité, Victoire fut contraint de détourner l'énergie des caissons de stase restant afin de garder celui de Javik actif le plus longtemps possible dans l'espoir que les civilisations futures le découvre et le réveille.
Plus de 50 000 ans après que Javik soit placé en stase, le Commandant Shepard découvrit et réactiva le caisson de stase. Avec sa race détruite et l'échec de sa mission, Javik pensa que son seul but était désormais de rester afin d'assouvir sa vengeance et celle de son peuple sur les Moissonneurs en rejoignant le Commandant Shepard et son équipe.




La Citadelle fut le siège du gouvernement prothéen et le cœur de leur Empire à l'échelle galactique. Bien que les Prothéens étaient une race bien spécifique, les races asservies qui rejoignirent l'Empire au fil de ses élargissements et annexions successives ont également adoptées le terme "Prothéen" pour se désigner elles-mêmes. Cette assimilation n'a pas toujours été pacifique : si les civilisations évoluées tentèrent de s'opposer à leur entrée dans l'Empire, elles étaient annexées par la force et intégraient dans la société prothéenne.
Les Prothéens justifièrent ce reconditionnement culturel en affirmant que si les races qui s'étaient opposées étaient réellement plus forte que les Prothéens, alors les Prothéens ne seraient pas ou plus la race dominante de la galaxie. Ce qui est conforme à leur vision de l'évolution, ou "l'impératif cosmique" comme ils l'appellent, qui prétend que l’Évolution est la force motrice de l'Univers et que les forts doivent se développer en dominant les faibles pour le plus grand bien de tous.
Cette idéologie a également été dictée par la nécessité. Après que les Prothéens ont rencontrés une race de machine intelligente hostile, ils ont finalement décidé que toutes les races organiques devraient unir leurs efforts pour le bien et la survie de tous. Des efforts pour intégrer en douceur les races nouvellement annexées furent entreprit comme par exemple, via des programmes d'apprentissage de la langue prothéenne.
L'ancienne architecture prothéenne était à la fois fonctionnelle et esthétique, se diversifiant au fil de l'histoire et des différentes dynasties, même si finalement, l'architecture commença a adopter un esthétisme plus simple au moment de leur disparition. Les archéologues contemporains se sont toujours demandés la raison d'un tel "abandon" de l'esthétisme, l'une des dernières théories prétend que c'était parce que les Prothéens étaient trop occupés à combattre les Moissonneur pour ce soucier de l'esthétisme.
Les balises et les ruines d'Eletania suggèrent que, comme les Asari, les Prothéens étaient à l'aise avec la notion de transfert de données dans l'esprit des individus. Ils ont massivement investis dans leurs recherches sur ce mode de communication, une politique qui finit par payer, même s'il était trop tard pour sauver leur propre espèce.
La société prothéenne était fortement réglementée. Javik mentionne que les jeux de hasard étaient un délit punissable de mort et parle de plusieurs châtiments physique extrêmement sévère dans le cadre de plusieurs délits grave comme la trahison par exemple. Les concours de traque et de recherche étaient un passe-temps commun. Activités d'autant plus difficiles en raison des capacités occulaires des Prothéens ainsi que par leur faculté d'analyse de l'environnement par le toucher. Les régions autour des yeux chez les Prothéens sont sans doute une zone très érogène car de nombreux préliminaires fait aux Prothéennes se concentre à ce niveau.
Les Prothéens ne développaient pas de couples interracial, trouvant l'accouplement entre espèces différentes inutiles. Il en étaient de même avec les races contemporaines qui étaient à un stade de développement primitif à l'époque, bien que les Asaris et les Quariens étaient des exceptions. Pour les Prothéens, leur race était supérieur à toute les autres. Ils conquièrent et asservirent les autres races parce qu'ils le pouvaient, pas parce qu'ils "les trouvaient "intéressantes"."
Les Prothéens n'avaient que peu de scrupules vis à vis de la gastronomie, mangeant même d'autres espèces conscientes. Par exemple, les Hanari étaient consommés frit ou bouilli alors que le foie de Galarien était considéré comme un met raffiné.




Bien que les Prothéens n'aient pas créés les relais cosmodésiques ou la Citadelle, c'était tout de même une race très avancée technologiquement et scientifiquement parlant. En plus d'étudier les races en voie de développement comme les Humains et les Hanari, ils ont construit un réseau de communication galactique en utilisant des balises qui transmettent des informations directement d'esprit à esprit et créés des dispositifs de stockage de données qui sont encore fonctionnels après 50 000 ans d'inactivité. Ils ont également développés une forme de technologie IV et utilisés des techniques de conservation cryogénique, ce qui pourrait aider un occupant à survivre à un bombardement de neutrons, ainsi que des conceptions architecturales avancées et des interfaces holographiques complexes.
Les architectures de Féros et d'Ilos montrent que les Prothéens étaient en mesure de construire et d'entretenir des villes gigantesques et des arcologies. Toutefois, compte tenu du fait que les Prothéens ont été victimes du piège des Moissonneurs, utilisant leur technologie sans savoir qu'ils finiraient par être récoltés en conséquent, une grande partie de l'architecture prothéenne semble avoir été influencés par des structures comme la Citadelle, brouillant davantage la différence entre ce que les Prothéens ont construit et ce qu'ils ont découvert. En outre, au moins une partie de leurs villes, celles sur Ilos en particuliers, ont été construites sur les ruines d'une ancienne civilisation, celle des Inusannons, qui ont été anéanties par les Moissonneurs 50 000 ans plus tôt.
Les Prothéens étaient aussi très habiles dans la conception de barrières cinétiques. Ils ont construit des réseaux élaborés de défense à base d'effet cosmodésique se déployant en rideaux et une sorte de bouclier de défense personnel qui agi comme une bulle d'énergie qui entoure et fait léviter la personne qui l'a activée. Si la personne est à l'abri de tous danger, elle est également incapable de bouger, comme si elle était dans la zone d'effet d'un champ de stase biotique.
La pièce technologique la plus avancée construite par les Prothéens est peut-être le Canal, un prototype de relais cosmodésique miniature conçu pour atteindre la Citadelle depuis Ilos. Ce fut un exploit inégalé par aucune races connue contemporaine ou ancienne. En effet, étant donné le complexité des relais et des autres technologies moissonneurs, construire un relais cosmodésique via rétro-ingéniérie est considéré comme extrêmement difficile.
On sait très peu de chose sur l'armée prothéenne. On sait qu'ils avaient des flottes capable de défendre leur empire contre n'importe quelle menace, à l'exception des Moissonneurs. Le vaisseau amiral de la flotte prothéenne, le Penumbra Apex, était équipé d'un canon principale semblable en terme de puissance que celui d'un cuirassé Geth. Les Prothéens utilisaient également des chasseurs. Les pilotes de chasses étaient suffisamment digne de confiance pour qu'ils aient l'entière responsabilité concernant l'entretien de leurs appareils et considéraient que c'était un grand honneur que d'être enterré avec son chasseur. Au plus fort de l'Invasion Moissonneur de l'Empire Prothéen, les Prothéens développèrent le Fusil à Particules, un puissant fusil d'assaut à énergie qui fonctionnait par refroidissement et non grâce à des cartouches thermiques. Ce fut une innovation nécessaire après que les Moissonneurs détruisirent l'Empire Prothéen et les lignes de ravitaillements, obligeant les résistants à développer des armes qui ne sont pas basés sur l'utilisation de consomables tels que les munitions et les cartouches thermiques.




Diverses ruines prothéennes survivent encore sur des planètes comme Féros, Quana, Thérum ainsi que de nombreux sites connus encore inexplorés dans la Travée de l'Attique et avec de forts soupçons de plusieurs sites inconnus qui existent ailleurs dans la galaxie. Bien que ces ruines soient étonnamment bien conservés pour leur âge, beaucoup ont été pillées depuis longtemps avec le temps et des générations de pilleurs écumant les villes fantômes et les stations abandonnées. Les technologies prothéennes encore actives sont rares.
Pendant la poursuite du Spectre renégat Saren Arterius, Shepard découvre de nombreux disques de données prothéens et d'anciennes ruines prothéennes sur des mondes inexplorés. Le Commandant peut même recevoir un "bijou" prothéen de la part de la Favorite Sha'Ira, mais comme le prétend Liara T'Soni, les preuves solides sur les Prothéens eux-même et leur cultures sont rare.
Avec l'aide de Shiala sur Féros, Shepard acquiert également l'Enigma, la clé pour comprendre pleinement la vision de la balise d'Eden Prime. Comme la vision était uniquement destinée à un esprit prothéen, sa compréhension exige que l'individu pense comme un Prothéen, de comprendre leur culture, leurs instincts biologiques, leur histoire et leur mémoire ancestrale. Cet "Enigma" permet alors à l'individu de comprendre le vrai sens de ces images, et ainsi comprendre la vision telle qu'elle à été conçue pour être vue. Selon Shepard, les effets de l'Enigma sur la vision sont assez subtils et l'expertise de Liara est encore nécessaires pour donner un sens aux images. L'Enigma permet également à Shepard de comprendre parfaitement la langue prothéenne.
En plus des technologies qu'ils ont laissés, les Prothéens ont laissés une plus grande influence à travers leur étude approfondie des autres races. Leur travaux ont eut énormément d'impacts sur les Asari, les Humains et les Hanari. Dans le cas de l'Humanité, grâce à la découverte des ruines prothéennes sur Mars, qui abritaient un petit cache de données, les Humains découvrirent l’Élément Zéro et découvrirent par la suite l'emplacement du relais de Charon. Une ruine prothéenne sur Elétania peut également, grâce à l'objet prothéen donné par la Favorite, produire une vision à partir d'un enregistreur de données prothéen qui a été implanté sur un Homme de Cro Magnon. Les Hanari, qui appellent les Prothéens les "Portes-Flammes", les créditent de leur avoir donnés le langage et les bases de la civilisations et les vénèrent comme une race ancienne qui leur a permis de se civiliser. On sait également que les Butariens ont développés, à l'instar de l'Humanité, la technologie SLM grâce à l'étude des ruines d'une installation prothéenne dans leur système.
Leur influence sur les Asari est encore plus marquée. L'un des secrets les mieux gardés du gouvernement asari est une collection d'anciennes reliques asari conservées dans le Temple d'Athamé sur Thessia. Les reliques décrivent la déesse Athamé et ses suivantes comme étant en réalité des Prothéens. Les Asari furent très surveillées et dans une certaine mesure "éduquées" par les Prothéens selon les dires de Javik, le dernier survivant prothéen. Javik explique que les Asari étaient censées être une solution de secours si les Prothéens étaient exterminés par les Moissonneurs, leur donnant une longueur d'avance et les connaissances nécessaires pour combattre les Moissonneurs dans le Cycle suivant. Même la particularité biotique concernant les Asari, c'est à dire que ces dernières soient toute des biotiques au point de s'en servir pour se reproduire, a été fournie par les Prothéens via manipulation génétiques.